当囊肿直径达10多厘米时可能会出现压迫症状，比如压迫胃、压迫肠出现上腹部饱胀感；压迫膈肌影响呼吸；肝门部的囊肿压迫胆管可出现黄疸；多囊肝压迫使正常肝组织越来越少，肝功能受到影响。如果囊肿内细菌入侵感染，可以出现腹痛与发热。
创伤性肝囊肿除了有外伤史外，可以有右上腹部疼痛，发热等。
炎症性肝囊肿常见的症状是反复发作的腹痛、发热、黄疸。
肿瘤性肝囊肿可以出现腹部膨隆、腹胀、消瘦等。
肝包虫性可以有过敏反应、腹痛、腹胀、腹部包快、肝大、发热、黄疸、腹水等。
先天性肝囊肿大多数因为很小对人体没有什么影响，对肝脏也没有影响，因此也没有什么症状，绝大部分都是在体检时发现。当囊肿越长越大、越长越多时就会出现症状，如肝区胀痛、腹胀、食欲减退，并发感染时引起肝脓肿等等，巨大肝囊肿突然破裂还可引起休克。
