根据历代医家论述和现代认识，肝硬化的病因主要是情志所伤，饮食不节，嗜酒无度，感染黄疸，积聚失治及感染血吸虫等。其病位在肝，但根据中医五脏相关理论，大多数医家认为其发病机理与肝、脾、肾三脏功能障碍，导致气滞、血瘀、水停积于腹内而成。现将病机归纳分述如下：
气滞湿阻：多因五志过极，饮食所伤，肝脾不和，升降失司，浊气充塞；或肝失条达，经气痹阻，气壅湿阻；或气滞中满，脾胃运化失职，致水湿停留，积久不化，痞塞中焦而成本病。
湿热蕴结：嗜酒过度，饮食不节，滋生湿热。脾胃损伤，积久体阻 衰，脾虚则运化失职，酒湿与热毒蕴滞不行；或睥不健运，升降失常，清浊相混，隧道壅塞，郁而化热，热留为湿，湿热壅结而成本病。
瘀血阻滞：黄疸积聚失治，湿热蕴积肝胆，治疗不当，日久湿热伤脾，水湿停滞，肝失疏泄，气血瘀阻而成本病。
脾肾阳虚：感染血吸虫等，治疗不及时，内伤肝牌，脉络瘀阻，清浊不分；或饮食不节，脾阳虚衰。脾败则不能制水，水湿泛滥，损伤肾阳，肾阳不足则气化不利而成本病；慢性肝病日久，内伤肝睥，累及肾脏，肾与膀胱相为表里，肾虚则气化不利，水浊血瘀壅结而成本病。
肝肾阴虚：饮食失节，损伤脾胃；或房劳过度，损伤肾阴，致元气亏虚，清浊相混，气道壅塞；或病久不愈，肝脾两伤，累及肾阴，以致水气停留不化，瘀血不行；或攻下逐水太过，伤津耗液，以致肝肾阴虚。
一般来说，早期多属肝脾的气滞和血瘀，腹水形成则多属气湿凝滞，阻于肝脾之脉络，形成本虚标实；末期多累及肾，而又有脾肾阳虚和肝肾阴虚之别，或两者并见。
